W realiach 2026 roku kontrole organów podatkowych i celno-skarbowych stają się coraz bardziej powszechnym elementem działalności przedsiębiorstw, szczególnie w przypadku spółek kapitałowych operujących na większą skalę lub prowadzących transakcje transgraniczne. Intensyfikacja działań Krajowej Administracji Skarbowej (KAS), postępująca cyfryzacja (JPK, KSeF, STIR) oraz coraz większy nacisk na przeciwdziałanie agresywnej optymalizacji podatkowej sprawiają, że przygotowanie na kontrolę nie powinno być działaniem doraźnym – lecz elementem stałego systemu zgodności podatkowej (tax compliance).

Rodzaje kontroli – podstawy prawne i zakres uprawnień

W polskim systemie prawnym istnieje kilka rodzajów działań kontrolnych prowadzonych przez organy skarbowe. W przypadku spółek najczęściej spotykane są:

• Kontrola podatkowa – regulowana przez Ordynację podatkową (art. 281–292), prowadzona przez naczelnika urzędu skarbowego; ma na celu sprawdzenie prawidłowości rozliczeń w konkretnym zakresie.
• Kontrola celno-skarbowa – uregulowana ustawą o KAS; prowadzona przez urzędy celno-skarbowe i ma szerszy zakres uprawnień (np. możliwość działania bez uprzedzenia).
• Czynności sprawdzające – mniej sformalizowana forma weryfikacji, często poprzedzająca wszczęcie formalnej kontroli.

Zasadnicze różnice dotyczą m.in. trybu zawiadamiania, terminów, zakresu kontroli oraz uprawnień organów (np. możliwość zabezpieczenia majątku, przesłuchiwania świadków, żądania określonych dokumentów).

Szukasz wysokiej jakości księgowości dla spółki z.o.o, dla swojej firmy? Wybierz usługi Biura Rachunkowego EFEKTA!

Kiedy może dojść do kontroli?

W praktyce kontrola może być wszczęta z różnych przyczyn, m.in.:

• nieprawidłowości wykazane w JPK_V7 lub deklaracjach VAT/CIT,
• brak spójności między deklaracjami a danymi z KSeF,
• udział w transakcjach z podmiotami powiązanymi bez dokumentacji TP,
• nietypowe zwroty VAT, straty podatkowe przez kolejne lata,
• sygnały z analizy ryzyka, donosy, działania systemu STIR.

W przypadku spółek realizujących większe obroty lub posiadających zagraniczne powiązania (kapitałowe, osobowe), zwiększa się prawdopodobieństwo kontroli w zakresie cen transferowych i obowiązków MDR.

Przebieg kontroli podatkowej – krok po kroku

1. Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli – z wyjątkiem kontroli celno-skarbowej, która może być prowadzona bez uprzedzenia.
2. Wszczęcie kontroli – formalnie następuje z chwilą okazania upoważnienia i okazania legitymacji przez kontrolujących.
3. Czynności kontrolne – obejmują analizę dokumentacji, przesłuchania, oględziny, żądanie wyjaśnień, porównanie danych z rejestrami zewnętrznymi (np. baza faktur z KSeF).
4. Czas trwania kontroli – maksymalny czas w spółkach to co do zasady 48 dni roboczych w jednym roku podatkowym; kontrola celno-skarbowa nie ma sztywnego limitu.
5. Protokół kontroli – zawiera ustalenia, zastrzeżenia, stwierdzone uchybienia.
6. Prawo do złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień – w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołu.
7. Ewentualne postępowanie podatkowe – wszczynane, jeśli kontrola wykazała nieprawidłowości skutkujące koniecznością określenia zobowiązania podatkowego.

Najczęstsze obszary kontroli w spółkach

Organy kontrolne najczęściej skupiają się na:

• VAT – odliczenia z tytułu faktur od podmiotów nieaktywnych, karuzele podatkowe, błędne oznaczenia GTU, brak zgodności z KSeF.
• CIT – nieprawidłowe koszty uzyskania przychodu (usługi niematerialne, leasing, odsetki), amortyzacja, ulgi podatkowe (np. B+R), nieudokumentowane wydatki.
• PIT i ZUS – błędne rozliczenia wynagrodzeń, niezgłoszenie świadczeń pozapłacowych, brak opodatkowania benefitów.
• Ceny transferowe – brak dokumentacji TP, zawyżone/ zaniżone ceny, brak rynkowego uzasadnienia.
• Schematy podatkowe MDR – brak zgłoszeń, niedopełnienie obowiązków informacyjnych.
• Brak zgłoszenia beneficjenta rzeczywistego (CRBR) – lub nieaktualne dane.

Jak przygotować się na kontrolę – procedury wewnętrzne

Przygotowanie do kontroli nie powinno rozpoczynać się w momencie otrzymania zawiadomienia, ale być stałym elementem systemu compliance. Kluczowe działania to:

• Weryfikacja kompletności i spójności dokumentacji księgowej, kadrowej i podatkowej.
• Przechowywanie archiwalnych JPK, deklaracji, ewidencji VAT, umów.
• Audyt poprawności rozliczeń VAT, CIT, PIT.
• Wdrożenie polityki cen transferowych i dokumentacji TP (Local File).
• Wyznaczenie osób odpowiedzialnych za kontakt z organem kontrolnym.
• Stworzenie matrycy ryzyk podatkowych oraz procedury odpowiedzi na protokół.

Ważne jest również zapewnienie spójności danych z systemów księgowych z tymi przesyłanymi do KSeF i JPK – rozbieżności mogą być natychmiast wychwytywane przez narzędzia analityczne KAS.

Rola biura rachunkowego lub doradcy podatkowego w trakcie kontroli

W przypadku kontroli w spółce kluczowe znaczenie ma współpraca z biurem rachunkowym lub zewnętrznym doradcą podatkowym. Ich rola obejmuje:

• przygotowanie dokumentacji i udostępnienie danych,
• reprezentację w trakcie kontroli lub pomoc w jej obsłudze,
• analizę ustaleń protokołu i przygotowanie zastrzeżeń,
• ocenę zasadności ewentualnych korekt,
• wsparcie w ewentualnym postępowaniu podatkowym lub sądowo-administracyjnym.

Jednym z biur rachunkowych, które specjalizuje się w obsłudze spółek oraz oferuje wsparcie w sytuacjach kontroli skarbowej, jest EFEKTA. Dzięki doświadczeniu w pracy z podmiotami o różnym profilu działalności, EFEKTA zapewnia klientom zarówno prowadzenie ksiąg zgodne z aktualnymi wymogami, jak i realną pomoc w zakresie audytów podatkowych i przygotowania do czynności kontrolnych.

Podsumowanie

Kontrola podatkowa lub celno-skarbowa to proces, który może istotnie wpłynąć na działalność operacyjną spółki – nie tylko pod względem finansowym, ale również organizacyjnym i reputacyjnym. Dlatego niezbędne jest wdrożenie systemowych mechanizmów zapewniających zgodność dokumentacyjną, aktualność danych oraz gotowość do natychmiastowego działania w razie otrzymania zawiadomienia o kontroli. Dobrze zorganizowana współpraca z księgowością, kadrami i doradcami zewnętrznymi pozwala nie tylko zminimalizować ryzyko sankcji, ale również przygotować zarząd do profesjonalnej i skutecznej obrony stanowiska spółki przed organami kontroli.